El Programa de Alianzas nació en el año 2004 con el objetivo de expandir el modelo de los programas desarrollados por Cimientos a través del trabajo en alianza con organizaciones de la sociedad civil (OSC). De esta manera busca consolidar una red de organizaciones sociales para que fortalezcan su trabajo como promotoras de la Igualdad de Oportunidades Educativas en su zona de influencia.

Consiste en la constitución de una alianza con una OSC local para la implementación de alguno de los programas diseñados y desarrollados por Cimientos. Cimientos acompaña a la organización aliada planteando un modelo co-financiado de autonomía progresiva, cumpliendo un rol tutorial, el cual implica capacitación, acompañamiento, monitoreo y auditoría en la implementación. La organización aliada es la encargada de la implementación directa del programa, mediante el aporte de su experiencia y conocimientos.