El Programa de Alianzas nació en el año 2004 con el objetivo de expandir el modelo de los programas desarrollados por Cimientos a través del trabajo en alianza con organizaciones de la sociedad civil (OSC). De esta manera busca consolidar una red de organizaciones sociales para que fortalezcan su trabajo como promotoras de la Igualdad de Oportunidades Educativas en su zona de influencia.

Consiste en el trabajo en conjunto con otras organizaciones de la sociedad civil con experiencia en la implementación de programas educativos, para que éstas implementen uno o varios de los programas de Cimientos. La organización aliada es responsable de la ejecución directa del programa mientras que Cimientos acompaña a la organización aliada con un modelo de autonomía progresiva, cumpliendo un rol tutorial, el cual implica capacitación, acompañamiento, monitoreo y auditoría en la implementación.